蛋白质之间的相互作用构成了细胞信号转导、代谢调控和疾病发生的分子基础。共免疫沉淀（Co-IP）作为研究内源性蛋白互作的经典方法，因其操作简便、特异性强、适应性广，至今仍在分子生物学和蛋白组学研究中发挥重要作用，尤其适合验证特定蛋白间的互作关系。

一、什么是共免疫沉淀（Co‑IP）？

共免疫沉淀（Co-immunoprecipitation, Co-IP）是一种研究蛋白质与蛋白质之间相互作用（Protein-Protein Interaction, PPI）的经典生物化学技术。该方法以抗原-抗体特异性结合为基础，通过免疫沉淀特定的“靶标蛋白”（bait），从而共沉淀与其结合的“互作蛋白”（prey），以此间接证明两者之间存在生理相关的相互作用。

Co-IP 是目前应用最广泛的 PPI 研究手段之一，特别适用于验证天然状态下的蛋白互作。相比体外系统（如酵母双杂交），Co-IP 更能反映内源性或近似生理条件下的蛋白复合体组成。

二、Co-IP 的核心原理

共免疫沉淀的基本流程包括以下几个关键步骤：

1、细胞裂解（Lysis）：将感兴趣的细胞或组织在适当缓冲液中裂解，保持蛋白复合物的天然构象和互作状态。

2、抗体孵育：加入特异性抗体与靶蛋白结合，形成抗体-蛋白复合物。

3、结合支持物（如Protein A/G磁珠）：使用与抗体Fc段结合的磁珠捕获复合物。

4、洗涤与洗脱：去除非特异性结合物，保留互作蛋白。

5、下游检测：通常采用Western Blot 鉴定互作蛋白，也可结合质谱进一步解析复合物组成。

三、Co-IP 的优势特点

1、反映生理状态下的互作：在温和裂解条件下操作，有助于保持天然蛋白复合体结构。

2、操作流程成熟：技术门槛相对较低，适用于大多数实验室。

3、兼容多种下游分析：可与Western Blot、质谱（MS）、酶活检测等方法联用，实现互作蛋白的定性与定量分析。

四、技术局限与优化策略

尽管 Co-IP 被广泛使用，但其也存在一定局限性，尤其在高通量、微弱互作或瞬时互作蛋白检测方面。

1、主要技术挑战

• 抗体特异性与质量依赖性高：非特异性结合可能导致假阳性，抗体质量直接决定实验可靠性。
• 非特异性背景干扰：裂解液中的非特异性吸附容易干扰信号。
• 难以捕捉弱或瞬时互作：与质谱或交联技术相比，Co-IP 更难检测低亲和力复合体。

2、可行的优化方案

• 选用高亲和力、验证良好的抗体。
• 使用交联剂（如DSS、DSP）增强弱互作稳定性。
• 结合磁珠系统提高洗涤效率，减少背景。
• 与质谱技术联用提升蛋白互作的鉴定深度。

五、Co-IP 与其他蛋白互作研究技术对比

客观而言，Co-IP 更适合作为候选互作的验证手段，适用于已知蛋白或假设驱动型研究。而在探索性或组学规模的互作网络解析中，亲和纯化质谱（AP-MS）或蛋白互作图谱构建方法则更具优势。

六、共免疫沉淀结合质谱：互作研究的深化方向

近年来，结合Co-IP 与质谱技术（Co-IP-MS）成为解析蛋白复合体组成的热门方法。其流程为：

1、使用特异性抗体富集复合物。

2、经过洗涤和洗脱后进行蛋白酶解。

3、利用LC-MS/MS 鉴定互作蛋白质的种类与丰度。

4、结合定量策略（如TMT、Label-free）对互作动态变化进行分析。

Co-IP-MS 不仅能验证特定互作，还可识别未知互作网络，在信号通路、疾病机制、药物靶点筛选等领域具有广泛应用。

七、百泰派克生物科技在Co-IP 与互作组学中的技术服务

在百泰派克生物科技，我们基于多年免疫富集与质谱平台积累，建立了完善的Co-IP + LC-MS/MS 联合分析服务流程，适用于以下研究场景：

1、信号通路关键节点蛋白互作解析。

2、疾病相关突变蛋白互作组差异研究。

3、药物处理前后互作网络变化定量分析。

4、新型靶点筛选与功能验证。

我们采用高灵敏度 Orbitrap 质谱仪器，结合优化的免疫富集策略和数据分析流程，为科研用户提供高覆盖度、高特异性、可重复的互作组数据支持。

共免疫沉淀（Co-IP）作为一项经典但历久弥新的技术，依旧在蛋白互作研究中发挥着不可替代的作用。随着质谱技术与计算分析手段的发展，Co-IP 的应用边界正在不断拓展。对于研究者而言，关键在于根据实验目标、样本特性与资源条件选择合适的蛋白互作技术。而百泰派克生物科技将继续以严谨的技术平台与专业的服务团队，助力生命科学研究者深入解析细胞调控的分子机制。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

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